A Santa Casa da Misericórdia da Horta é uma Instituição Particular de Solidariedade Social (IPSS) fundada entre 1520 e 1522, conforme consta dos Anais do Município da Horta.
Desde a sua fundação, a Instituição tem exercido a sua ação no Concelho da Horta, onde está sediada, apoiando as populações do Pico, das Flores e do Corvo, dentro das suas possibilidades.
Durante a vigência desta Misericórdia criaram-se o Hospital da Horta e o Asilo de Mendicidade da Horta, inaugurado a 13 de junho de 1843.
Em 1850 foi nomeada uma Comissão Especial para gerir o Asilo separadamente da Santa Casa, tendo em 1852 voltado à administração da Misericórdia.
Em 1911 constituiu-se uma nova Irmandade para tomar conta da administração do Asilo de Mendicidade e, em 1932, a administração interna foi confiada às Irmãs Franciscanas Hospitaleiras da Imaculada Conceição até 1941, data em que o Asilo retomou a vida normal, ao abrigo dos Estatutos, em Assembleia Geral com a eleição da sua Mesa Administrativa.
Em 1973, por despacho de 20/XI/73 do Sub-Secretário de Estado de Segurança Social foi aprovado a mudança de nome de “Asilo de Mendicidade” para “Lar de S. Francisco”.
Com a publicação do Decreto-Lei N.º 704/74 de 7 de Dezembro, ficou determinada a integração dos hospitais pertencentes a Instituições Particulares de Solidariedade Social na rede Nacional Hospitalar. Perante esta situação, a Misericórdia da Horta deixou de exercer qualquer ação social, pelo que, por deliberação da Assembleia Geral da Misericórdia e aprovado por despacho de 2 de novembro de 1979 do Secretário Regional dos Assuntos Sociais, o Lar de São Francisco, com todo o seu património, voltou a ser integrado na Santa Casa da Misericórdia da Horta, dando assim possibilidade à Misericórdia de continuar com a sua missão social.
A Irmandade tem personalidade jurídica canónica e civil e é membro da União das Misericórdias Portuguesas, da União Regional das Misericórdias dos Açores, da União Regional das Instituições Particulares de Solidariedade Social e da REAPN - Rede Europeia Anti-Pobreza / Portugal.